Médico holandês nascido em Leyden, que publicou sobre medicina tropical, flora e fauna da região. Estudou em Leyden, recebendo o grau de médico (1614), ingressou na Companhia das Indias Orientais e foi enviado à Batávia (1627).
Apesar de seus precários conhecimentos de medicina tropical, em apenas quatro anos em Java descreveu várias doenças encontradas na colônia holandesa, inclusive o beribéri e até venenos de cobra, assim como a flora e a fauna da região.
Sua obra principal De Medicina Indorum, Leyden (1642) foi publicada postumamente por seu irmão William Bontius, anos após a sua morte em Batávia, quando tinha apenas 39 anos. Foi o primeiro a introduzir o termo malaio Orang-Utan, homem das árvores, na literatura européia.